Le président du conseil d'administration est nommé, parmi les représentants des collectivités territoriales, par arrêté conjoint des ministres chargés du logement, de l'économie et du budget. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
En cas d'empêchement de celui-ci ou de vacance, un des administrateurs nommés par le ministre chargé du logement le supplée.