Le commissaire du Gouvernement auprès du groupement d'intérêt public est désigné par le ministre chargé de l'environnement.
Il assiste aux séances de toutes les instances de délibération et d'administration du groupement. Il a communication de tous les documents relatifs au groupement et droit de visite dans les locaux appartenant au groupement ou mis à sa disposition. Il peut provoquer une nouvelle délibération des instances du groupement dans un délai de quinze jours.
Il informe les administrations dont relèvent les personnes morales publiques participant au groupement.