La commission du milieu naturel aquatique de bassin est chargée de proposer les orientations de protection et de gestion des milieux naturels aquatiques du bassin.
Elle est consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, sur les projets de schémas départementaux de vocation piscicole prévus par l'article L. 433-2.
Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur le schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux et sur les schémas d'aménagement et de gestion des eaux, ainsi que sur le programme de l'agence financière de bassin.
Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur les projets de travaux ou d'aménagements, qui nécessitent une coordination à l'échelle du bassin et qui sont susceptibles d'avoir un effet sur le milieu naturel aquatique, notamment au regard de leur compatibilité avec les dispositions de schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux.
Elle peut être consultée par le préfet de région, coordonnateur de bassin, ou par le président du comité de bassin sur toute question concernant les milieux naturels aquatiques dans le bassin.