Pour l'élaboration de ses avis sur les demandes d'autorisation de denrées alimentaires génétiquement modifiées et d'aliments génétiquement modifiés pour animaux, le haut conseil fait porter son évaluation sur les impacts environnementaux, et intègre dans ses avis l'évaluation des impacts sanitaires fournie par l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail.