Le compte rendu rédigé à l'issue de chaque contrôle périodique est transmis concomitamment par l'organisme indépendant à l'éco-organisme agréé ou au titulaire de l'approbation du système individuel et au ministre chargé de l'environnement. Ce compte rendu ou, le cas échéant, une version dont ont été retirées les informations détenues de façon confidentielle par l'éco-organisme ou par le titulaire de l'approbation du système individuel dans le cadre de son activité est transmis par le ministre chargé de l'environnement à la commission consultative d'agrément de la filière.

Lorsque le contrôle périodique porte sur un éco-organisme agréé, ce dernier transmet en outre ce compte rendu au censeur d'Etat désigné auprès de lui, qui peut, s'il l'estime utile, faire connaître au ministre chargé de l'environnement ses observations sur la partie du compte rendu relative aux obligations financières de l'éco-organisme, dans le délai d'un mois après la date de réception du compte rendu.