L'agrément vaut autorisation d'utiliser, dans le cadre des activités du conservatoire, la dénomination “ Conservatoire botanique national ” et son identité graphique.
Le retrait de l'agrément emporte interdiction pour l'établissement d'utiliser la dénomination et l'identité graphique.
Est également autorisé l'usage de la dénomination et de l'identité graphique par l'Office français de la biodiversité et par toute entité regroupant exclusivement des conservatoires botaniques nationaux.