Le secrétariat de la commission est assuré par un secrétaire général nommé par arrêté du ministre chargé de l'aviation civile parmi les agents de la direction de la régulation économique de la direction générale de l'aviation civile. Le secrétaire général peut être assisté de collaborateurs nommés dans les mêmes conditions.
Le secrétaire général assure, sous l'autorité du président, l'organisation et le fonctionnement de la commission ainsi que la préparation de ses réunions et délibérations.
La commission adopte son règlement intérieur.