L'agrément peut être retiré par arrêté conjoint du ministre chargé de la culture et du ministre chargé de la recherche lorsque l'organisme agréé ne remplit plus l'une des conditions au vu desquelles il a été agréé, ainsi qu'en cas de non-respect des obligations prévues par la présente section, de manquements graves ou répétés dans l'exécution des opérations archéologiques ou de mises en demeure prononcées en application de l'article R. 523-61 et demeurées infructueuses. Il peut être retiré à la suite d'une décision de suspension d'agrément lorsque les motifs qui ont fondé cette décision perdurent. Le retrait peut porter sur la totalité de l'agrément ou sur une partie des périodes ou domaines.

Le ministre chargé de la culture notifie au titulaire les raisons pour lesquelles il est envisagé de retirer l'agrément et lui impartit un délai, qui ne peut être inférieur à un mois, pour présenter ses observations écrites, qui sont portées à la connaissance du Conseil national de la recherche archéologique, consulté préalablement à la décision de retrait. L'arrêté de retrait est notifié au demandeur et publié au Journal officiel de la République française.