Le comité se réunit sur convocation de son président et au moins deux fois par an. Il peut également se réunir soit à la demande de l'un des ministres parmi ceux chargés de l'environnement, de l'agriculture, de la recherche, et de la santé ou du ministre de la défense, soit à la demande de la moitié de ses membres.

Le secrétariat du comité est assuré par le secrétariat de la Commission nationale pour la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques.

Le comité établit un rapport d'activité annuel qu'il adresse au président de la Commission nationale pour la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques.

Le comité établit son règlement intérieur.