Le directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) détermine les modalités de dépôt des demandes d'approbation des programmes opérationnels. Il instruit les demandes d'approbation des programmes opérationnels et vérifie la régularité des modalités de calcul de la valeur de la production commercialisée retenue par l'organisation de producteurs ou l'association d'organisations de producteurs présentant le programme opérationnel, ainsi que la conformité des objectifs et mesures y figurant avec le plan stratégique national français de la politique agricole commune.

Le directeur général de l'Etablissement national des produits de l'agriculture et de la mer (FranceAgriMer) approuve ou rejette tout ou partie du programme opérationnel. Il peut approuver un programme opérationnel sous réserve de l'acceptation par l'organisation de producteurs ou par l'association d'organisations de producteurs de certaines modifications.