L'organisme agréé élabore un règlement encadrant l'exercice de ses missions, qu'il dépose auprès du ministre chargé de la marine marchande. Il notifie les amendements qu'il apporte à ce règlement.
Il met en œuvre un système de registre et d'archivage assurant la traçabilité des certificats et justifiant que les missions sont effectuées dans le respect de la réglementation et des règles établies.
Il communique annuellement au même ministre les résultats des vérifications effectuées dans le cadre de son système de qualité.