Les installations de production de biogaz pour lesquelles une demande de certificat de production de biogaz a été faite en application de l'article L. 446-37 peuvent être soumises à des contrôles périodiques, permettant de s'assurer que ces installations ont été construites ou fonctionnent dans les conditions requises par la réglementation. Ces contrôles sont effectués aux frais du producteur par des organismes agréés.
Un décret en Conseil d'Etat, pris après avis de la Commission de régulation de l'énergie, précise les conditions d'application du présent article. Il fixe notamment, selon les caractéristiques des installations, la périodicité, les modalités de fonctionnement du système de contrôle et, en particulier, les conditions d'agrément des organismes contrôleurs ainsi que les conditions dans lesquelles les résultats sont tenus à la disposition de l'administration ou, lorsque certaines non-conformités sont détectées, transmis au ministre chargé de l'énergie.