Les membres des comités ainsi que les rapporteurs sont indemnisés de leurs frais de déplacement et de séjour, dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux personnels civils de l'Etat. N'ouvrent droit à indemnisation que les missions effectuées à la demande du président ou avec son autorisation.

Les rapporteurs, les présidents et les vice-présidents des comités perçoivent des indemnités dans des conditions fixées par le décret n° 92-239 du 11 mars 1992 relatif aux indemnités susceptibles d'être allouées aux présidents, aux vice-présidents et aux rapporteurs du comité consultatif national et des comités consultatifs régionaux ou interrégionaux de règlement amiable des différends ou litiges relatifs aux marchés.

Ces indemnités sont prises en charge par le ministère chargé de l'économie.