Le projet de budget est arrêté par le conseil d'administration et transmis à l' Autorité de régulation des transports, accompagné des éléments nécessaires à la compréhension du projet de budget, qui dispose d'un délai d'un mois pour faire connaître son avis motivé sur ce projet.

Après obtention de l'avis susmentionné ou, à défaut, expiration du délai d'un mois, le budget est arrêté par le conseil d'administration de SNCF Réseau avant le 1er décembre de l'année précédant l'exercice concerné.

Le budget est communiqué aux ministres chargés des transports, de l'économie et du budget. A défaut d'opposition de l'un de ces ministres dans le délai d'un mois à dater de cette communication, ce budget est réputé approuvé. En cas d'opposition de l'un de ces ministres, l'établissement produit un nouveau budget selon la même procédure.

En l'absence de budget approuvé à la date d'ouverture de l'exercice, l'établissement peut exécuter temporairement les opérations de recettes ainsi que les opérations de dépenses strictement nécessaires à la continuité de ses activités, dans la limite du budget initial de l'exercice précédent. Une décision des ministres chargés des transports, des finances et du budget précise en tant que de besoin les opérations autorisées.

Le budget peut être modifié en cours d'année selon les mêmes procédures.

Toutefois, en cas de nécessité, le président du conseil d'administration peut prendre, avec l'accord de la mission de contrôle économique et financier des transports, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, des décisions modificatives du budget à condition qu'elles ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni transfert entre les prévisions en matière de redevances, d'investissement et de fonctionnement. Il en rend compte au conseil d'administration lors de la première séance qui suit cette décision.