L'Observatoire de la santé des vétérans est dirigé par un délégué, nommé, sur proposition du secrétaire général pour l'administration, par arrêté du ministre de la défense, parmi les médecins des armées d'un grade au moins égal à celui de médecin en chef.

Le délégué est assisté par un adjoint, désigné par le ministre chargé de la santé.