Le préfet chargé de l'instruction transmet au ministre chargé des mines les demandes, ainsi que l'ensemble du dossier d'instruction avec son propre avis et, le cas échéant, les projets d'arrêtés d'octroi ou de refus d'autorisations domaniales et d'ouverture des travaux qu'il est envisagé de prendre.
Le ministre consulte le secrétaire général de la mer, les ministres chargés du budget, de l'environnement, des pêches maritimes, de la mer, des communications électroniques, de la défense nationale, le cas échéant, des affaires étrangères et, lorsque la demande porte sur le maërl, de la santé. Le défaut de réponse dans le délai de deux mois vaut avis favorable.
Lorsque les demandes portent en totalité ou en partie sur le plateau continental, les ministres consultés examinent notamment si les activités projetées sont compatibles avec les stipulations des conventions ou accords sur le plateau continental auxquels la France est partie.