Les frais de restauration et d'hébergement sont forfaitaires, payables par trimestre et d'avance.
Cependant le chef d'établissement peut, sur demande justifiée des usagers, accepter des paiements mensuels.
Lorsque, au cours d'un trimestre, la restauration ou l'hébergement n'est pas assuré ou lorsqu'un élève hébergé est absent pendant plus de deux semaines pour raison médicale ou familiale dûment justifiée, les familles peuvent demander le remboursement partiel des frais versés.
En cas de défaut de paiement des frais de restauration ou d'hébergement, le chef d'établissement peut prononcer l'exclusion de l'élève du service concerné. Toutefois, lorsque cette mesure est susceptible d'entraîner l'exclusion totale de l'élève, la décision est prise par le directeur interrégional de la mer sur rapport du chef d'établissement.