La grande commission nautique est composée :
1° Des membres permanents suivants, disposant d'un droit de vote :

-un officier supérieur de la marine nationale ou son représentant, désigné par le ministre de la défense pour une durée de trois ans, président ;
-le directeur général des affaires maritimes, de la pêche et de l'aquaculture en charge de la sécurité de la navigation maritime ou son représentant, vice-président ;
-le directeur général du service hydrographique et océanographique ou son représentant désigné par le directeur général du service hydrographique et océanographique de la marine (SHOM) ;
-le chef du bureau en charge de la signalisation maritime ou son représentant ;

2° Lorsque la grande commission nautique est consultée sur des questions relevant des 1°, 2° et 3° de l'article 2, elle comprend, outre les membres permanents, les membres suivants disposant d'un droit de vote :
a) Le directeur départemental des territoires et de la mer intéressé, ou son représentant ;
b) Cinq représentants des activités maritimes tels que notamment des pilotes, patrons de remorqueur, commandants de navire, pêcheurs ou plaisanciers. Ces représentants ont chacun deux suppléants.
Les représentants des activités maritimes et les suppléants sont nommés, pour chaque affaire, sur proposition du directeur départemental des territoires et de la mer intéressé par décision :

-du préfet du département concerné par les principales installations lorsque l'affaire relève de la compétence de l'Etat en dehors de la circonscription d'un port relevant de l'Etat ;
-du directeur général ou du directeur du port lorsque l'affaire concerne des installations situées à l'intérieur de la circonscription d'un port relevant de l'Etat ;
-du président de la collectivité territoriale ou du maire lorsque l'affaire concerne un port géré par une collectivité territoriale ou un de ses groupements, à l'exception des installations de signalisation maritime.

En cas de partage de voix, le président de la commission a voix prépondérante.
La direction interrégionale de la mer, le directeur général ou le directeur du port relevant de l'Etat, la collectivité, selon le cas, intéressé aux questions examinées par la commission désigne un représentant qui assiste à sa réunion, sans pouvoir prendre part au vote ;
3° Lorsque la grande commission nautique est consultée sur des questions relevant du 4° et du dernier alinéa de l'article 2, elle comprend, outre les membres permanents, les membres nommés suivants disposant d'un droit de vote :
a) Le directeur des services de transports en charge de la gestion des ports, ou son représentant ;
b) Quatre représentants des activités maritimes :

-un représentant d'un armement au commerce ou d'une organisation représentative d'armateurs de la marine de commerce, officier ayant exercé un commandement, ou son suppléant désigné sur proposition du directeur départemental des territoires et de la mer ;
-un représentant du comité national des pêches maritimes et des élevages marins, officier de pont ayant exercé un commandement à la pêche, ou son suppléant désigné sur proposition du directeur départemental des territoires et de la mer ;
-une personne choisie en raison de ses compétences en termes de navigation de plaisance et de pratique des loisirs nautiques, ou son suppléant ;
-un représentant de la fédération française des pilotes maritimes, ou son suppléant.

Ces représentants et leurs suppléants sont nommés par le ministre chargé de la mer pour une durée de cinq ans.
En cas de partage de voix, le président de la commission a voix prépondérante.
Sur décision du président ou du vice-président, peuvent être associés aux travaux de la commission des personnalités choisies en raison de leur compétence, ainsi que des représentants des administrations directement en charge des questions examinées. Ces personnalités et représentants ne peuvent participer aux votes.