Pour faciliter ses travaux le Comité national d'évaluation peut prendre l'initiative de créer à titre interne des commissions temporaires, constituées sur une base pluridisciplinaire ou thématique. Ces commissions sont composées d'experts choisis en raison de leur compétence. Chacune d'elles comprend au moins deux membres du Comité national d'évaluation, dont le président de la commission, sans que son effectif total excède dix membres.
Le Comité national d'évaluation rend public le nombre et la nature des commissions qu'il constitue, ainsi que leurs modifications.