Les fonctions de comptable sont assurées par un agent appartenant au cadre des services extérieurs du Trésor, assisté par les agents des services extérieurs du Trésor placés sous ses ordres.
Dans les établissements importants, désignés par arrêté du ministre de la santé publique et de la population et du ministre des finances et des affaires économiques, il peut être créé un poste comptable spécial.
Les dépenses afférentes au fonctionnement des services comptables hospitaliers sont à la charge du budget général de l'Etat (services financiers).