Un commissaire du Gouvernement assiste aux réunions du conseil d'administration ou de gestion. Il est désigné par le ministre chargé de l'artisanat pour les fonds d'assurance formation nationaux, par le préfet de région pour les fonds d'assurance formation régionaux.
Le commissaire du Gouvernement veille au respect de l'égalité d'accès à la formation, à l'affectation des ressources du fonds et à leur utilisation pleine et justifiée, à l'application des statuts et du règlement intérieur et au respect des objectifs définis par le conseil d'administration ou de gestion.
Il reçoit les documents administratifs et financiers du fonds deux semaines avant la séance du conseil d'administration ou de gestion.
Le commissaire du Gouvernement peut formuler des observations ou des réserves sur les décisions du conseil d'administration ou de gestion. Il peut, dans un délai de huit jours à compter de la date d'une délibération, demander une nouvelle délibération. Cette demande a un effet suspensif jusqu'à l'intervention d'une nouvelle délibération.