Chef de l'établissement, le directeur assume la responsabilité de son bon fonctionnement sur le plan technique, pédagogique, administratif et financier avec le concours des instances dont les conditions d'intervention sont définies par le présent décret.
Les directeurs de l'Institut national agronomique Paris-Grignon, de l'Ecole nationale supérieure agronomique de Montpellier et de l'Institut national d'enseignement supérieur et de recherche agronomique et agroalimentaire de Rennes sont nommés après avis du conseil d'administration de l'école dans les conditions définies par l'article R. 812-17 du code rural.
Le directeur de l'Ecole nationale supérieure des industries agricoles et alimentaires est nommé par le ministre de l'agriculture après avis du conseil d'administration de l'école.
Le directeur peut être prorogé dans ses fonctions à l'issue de la période de cinq ans pour laquelle il a été initialement nommé, dans les même conditions, sans autre avis du conseil d'administration de l'établissement.