La commission élabore un règlement intérieur qui fixe notamment les conditions dans lesquelles le président soumet à son approbation l'état d'avancement du projet de schéma.
Le président de la commission locale de l'eau est élu par les membres du collège des représentants des collectivités territoriales et des établissements publics locaux.
Le président de la commission conduit la procédure d'élaboration du projet d'aménagement et de gestion des eaux par la commission locale de l'eau.
Le président fixe les dates et les ordres du jour des séances de la commission qui sont envoyés quinze jours avant la réunion.
Les délibérations de la commission sont prises à la majorité des voix des membres présents, la voix du président étant prépondérante en cas de partage égal des voix.
Toutefois, la commission ne peut valablement délibérer sur son règlement intérieur ainsi que sur l'adoption, la modification et la révision du schéma d'aménagement et de gestion des eaux que si les deux tiers de ses membres sont présents ; si ce quorum n'est pas atteint après une seconde convocation, la commission peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents.
Les délibérations mentionnées à l'alinéa précédent doivent être adoptées à la majorité des deux tiers des membres présents.
La commission locale de l'eau auditionne des experts en tant que de besoin ou à la demande de cinq au moins des membres de la commission.
La commission établit un rapport annuel sur ses travaux et orientations et sur les résultats et perspectives de la gestion des eaux dans le ou les sous-bassins de sa compétence. Ce rapport est adopté en séance plénière et est transmis au préfet coordonnateur de bassin, au préfet de chacun des départements concernés et au comité de bassin compétent.