Il doit être tenu, pour chaque établissement ou du service faisant l'objet d'une dotation globale de financement ou d'un prix de journée, une comptabilité distincte de celle des autres établissements appartenant, le cas échéant, au même organisme.
Cette comptabilité comprend toutes les opérations liées à l'exécution des recettes et des dépenses de l'établissement ou du service .
La comptabilité spéciale à un établissement ou un service doit à toute demande pouvoir être mise à la disposition des agents vérificateurs ou de contrôle. Si les résultats de cette comptabilité sont rattachés à la comptabilité d'un établissement principal, ce rattachement s'opère par l'intermédiaire de comptes de liaison.
Lorsqu'un même organisme gère de manière centralisée plusieurs établissements dont la tarification est sous compétence de l'Etat, les comptes centralisés de ces établissements doivent pouvoir être mis à la disposition des agents vérificateurs ou de contrôle.