La mission interministérielle est composée de trois personnalités désignées par le Premier ministre qui choisit le président parmi celles-ci.
Un fonctionnaire, désigné par le Premier ministre sur proposition conjointe du ministre délégué auprès du Premier ministre, chargé du Plan et de l'aménagement du territoire, et du ministre délégué auprès du Premier ministre, chargé de la protection de la nature et de l'environnement, assure le secrétariat général de la mission. Il est assisté, pour l'exercice de ses fonctions, de fonctionnaires mis à sa disposition par les ministres intéressés.