Lorsqu'une même région naturelle agricole est formée par la réunion d'une fraction du territoire de plusieurs départements et que les propositions des commissions départementales intéressées ne concordent pas, l'harmonisation de ces propositions est assurée par le ministre de l'agriculture après avis de la commission nationale. Au cas où les départements où se trouve la région naturelle agricole font partie d'une même circonscription d'action régionale, le préfet de région donne au préalable son avis sur l'harmonisation des propositions des commissions départementales.