Chaque agence constitue un établissement public de l'Etat à caractère administratif, doté de la personnalité civile et de l'autonomie financière *nature juridique*.
La tutelle de l'agence est exercée par le ministre chargé de l'environnement qui désigne à cet effet un commissaire du gouvernement. Le ministre consulte en tant que de besoin la mission interministérielle de l'eau.