La présidence de la commission est assurée par l'inspecteur général des finances et, en son absence, par l'inspecteur général de l'agriculture.
La commission peut organiser ses travaux dans le cadre de formations sectorielles spécialisées.
Le bureau de la commission se compose du président et du vice-président, des représentants : du SGAE, de la direction générale des politiques économique, européenne et internationale du ministère chargé de l'agriculture, de la direction du budget, de la direction générale des douanes et droits indirects, de la direction générale de la consommation, de la concurrence et de la répression des fraudes, et du secrétariat de la commission.
Le bureau prépare les délibérations de la commission. Il est consulté sur les questions relevant de la compétence de la commission dans l'intervalle des réunions de celle-ci.
Le secrétariat de la commission fonctionne sous l'autorité du président. Il est assuré par le service de contrôle de la régularité des opérations dans le secteur agricole rattaché au chef du service du contrôle général économique et financier du ministère chargé de l'économie.