Les agents mentionnés à l'article 1er, ainsi que les agents recrutés par l'établissement en contrat à durée déterminée, peuvent se voir attribuer une indemnité de fonction et d'expertise, dont les montants sont déterminés par le président de l'établissement, selon le niveau de responsabilité et d'expertise mis en œuvre dans l'exercice des fonctions.
Les montants minimum et maximum de cette indemnité et la périodicité de son versement sont fixés par un arrêté conjoint des ministres chargés de la culture, de la recherche, de la fonction publique et du budget.