Le congé de maladie prévu à l'article 47 de la même loi est la situation du militaire dont le service est interrompu en raison d'une maladie ou d'une blessure le plaçant dans l'impossibilité d'exercer ses fonctions.
Le congé de maladie est attribué sur demande ou d'office par le commandant de la formation administrative d'affectation ou d'emploi du militaire concerné, sur le fondement d'un certificat établi par le médecin, le chirurgien-dentiste ou la sage-femme qui en a prescrit la nécessité.
La date de prise d'effet du congé de maladie est celle de la cessation du service. Le congé de maladie intervenant au cours d'une permission en interrompt le déroulement. L'intéressé conserve le droit à la fraction de la permission dont il n'a pas bénéficié, selon les modalités propres au régime de ladite permission.
Le commandant de la formation administrative d'affectation ou d'emploi peut, à tout moment, faire procéder à un contrôle médical du militaire placé en congé de maladie afin de s'assurer que ce congé est justifié.
Le contrôle médical est effectué par un praticien des armées n'exerçant pas son activité au sein de cette formation. Le militaire doit se soumettre à ce contrôle, sous peine de suspension du versement de sa rémunération ou de l'interruption du congé.
Lorsque la durée des congés de maladie est, pendant une période de douze mois consécutifs, supérieure à six mois, le militaire qui ne peut pas reprendre ses fonctions est placé, selon l'affection présentée, en congé de longue durée pour maladie ou en congé de longue maladie dans les conditions prévues aux articles 25 à 34.