Le fonds de soutien est dirigé, pour le compte et sous la responsabilité du Trésor public, par un comité de direction qui comprend, outre le directeur général du Trésor ou son représentant, le gouverneur de la Banque de France ou son représentant et le directeur général de la caisse des dépôts et consignations ou son représentant. Le secrétariat du comité de direction du fonds de soutien est assuré par la direction générale du Trésor. La comptabilité du fonds de soutien est tenue, sous l'autorité du comité de direction, par la caisse des dépôts et consignations.