Les experts mentionnés à l'article 12 du décret n° 2021-1536 du 29 novembre 2021 relatif à l'organisation et au fonctionnement du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur perçoivent, pour chaque mission d'évaluation, une indemnité dont le montant est fixé par le président du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur. Les attributions individuelles prennent en compte la qualité des contributions des intéressés aux travaux d'évaluation.
Le montant maximum de cette indemnité, fixé par un arrêté conjoint des ministres chargés de l'enseignement supérieur et de la recherche, du budget et de la fonction publique, prend en compte les responsabilités exercées au sein de chaque comité d'experts, la complexité de la mission d'évaluation ainsi que la dimension internationale du comité d'experts.