La direction nationale garde-côtes des douanes assure les missions de surveillance maritime de l'administration des douanes. Elle est également chargée de certaines missions de surveillance terrestre.
A ce titre, elle met en œuvre, dans le cadre des orientations stratégiques définies par le conseil institué à l'article 3-2 et en lien avec les services de la direction générale des douanes et droits indirects, les moyens opérationnels maritimes et aériens habités de l'administration des douanes sur l'ensemble du territoire national et des espaces sous juridiction française. Elle a aussi recours, avec d'autres services douaniers, à des moyens aériens non habités.
Elle contribue à l'action de l'Etat en mer et à la fonction garde-côtes.
Elle participe dans son domaine de compétences à des missions internationales dans un cadre bilatéral ou multilatéral.