La décision de prise en charge au titre de la protection fonctionnelle indique les faits au titre desquels la protection est accordée. Elle précise les modalités d'organisation de la protection, notamment sa durée, qui peut être celle d'une instance. Elle peut être accordée pour une phase déterminée d'une procédure juridictionnelle. La prolongation de la prise en charge au titre d'une instance suivante ou d'une phase ultérieure de la procédure juridictionnelle fait l'objet d'une nouvelle demande et d'une nouvelle décision du ministre de la défense.