Les modalités d'application du présent règlement sont arrêtées par la Commission conformément à la procédure prévue à l'article 41, paragraphe 2. La Commission arrête, en application du présent règlement et, notamment de ses articles 6, 7, 8, 9, 16, 26, 28, 31, 32, 33, 34, 37 et 48:
| 1) | les conditions applicables à l'agrément des organismes payeurs et des organismes de certification, ainsi qu'à l'agrément spécifique des organismes de coordination, à leurs fonctions respectives, aux informations requises et aux modalités de leur mise à disposition ou de leur transmission à la Commission; |
| 2) | les conditions suivant lesquelles une délégation des tâches des organismes payeurs peut être effectuée; |
| 3) | les standards de certification admissibles, la nature, la portée et la périodicité selon laquelle les certifications doivent intervenir; |
| 4) | les modalités d'exécution des procédures de dégagement d'office, d'apurement de conformité et d'apurement des comptes; |
| 5) | les modalités de prise en compte et d'affectation des recettes provenant des États membres; |
| 6) | les règles générales applicables aux contrôles sur place; |
| 7) | la forme, le contenu, la périodicité, les délais et les modalités de transmission à la Commission ou de mise à sa disposition:
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| 8) | les règles relatives à la conservation des documents et informations; |
| 9) | les mesures de transition nécessaires pour la mise en œuvre du présent règlement. |
Un arrêt de la Cour de justice de l'Union européenne, en date du 9 novembre 2010, a invalidé les articles 42 point 8 ter et 44 bis du Règlement (CE) n° 1290/2005 du 21 juin 2005 et le règlement (CE) n° 259/2008 du 18 mars 2008. Cette invalidation ne concerne que la publication pour les bénéficiaires personnes physiques et ne remet pas en cause les effets des publications antérieures. Dans une note datée du 30 novembre 2010, la Commission européenne a estimé qu'il n'était pas certain de pouvoir exclure tout risque de recours en indemnité pour les publications antérieures.
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