Le syndicat interhospitalier est administré par un conseil d'administration et, dans le cadre des délibérations dudit conseil, par un secrétaire général nommé par le ministre chargé de la santé, après avis du président du conseil d'administration.
Le conseil d'administration du syndicat est composé de représentants de chacun des établissements qui font partie de ce syndicat, compte tenu de l'importance de ces établissements, aucun de ceux-ci ne pouvant détenir la majorité absolue des sièges. Il élit son président parmi ces représentants. Le président de la commission médicale consultative de chacun des établissements et un représentant des pharmaciens de l'ensemble des établissements faisant partie du syndicat sont membres de droit du conseil d'administration. Le directeur de chacun des établissements assiste au conseil d'administration avec voix consultative.
La représentation des personnels médicaux et des personnels non médicaux employés par le syndicat est assuré au sein de son conseil d'administration. Cette représentation ne peut être, en pourcentage, supérieure à celle dont ces personnels bénéficient dans l'établissement adhérant au syndicat où ils sont le mieux représentés.
Le conseil d'administration peut déléguer à un bureau élu en son sein certaines de ses attributions. Cette délégation ne peut porter sur les matières énumérées aux 1°, 2°, 3°, 4°, 5° et 7° de l'article 22 qui demeurent de la compétence exclusive du conseil d'administration. Lors de chaque réunion du conseil d'administration, le bureau et le président rendent compte de leurs activités.
La composition du bureau et le mode de désignation de ses membres sont fixés par décret.