Le commissaire général à l'égalité des territoires ou son représentant assure la présidence du comité interministériel des parcs nationaux. Il est assisté du secrétaire général de la mer ou de son représentant lorsque l'ordre du jour de la séance concerne un parc national comprenant un espace maritime.
Le directeur de l'eau et de la biodiversité ou son représentant assure le secrétariat du comité.