Le comité peut constituer en son sein des groupes de travail spécialisés. Certains de ces groupes pourront suivre, à titre permanent, le développement de projets ou d'actions d'informatique de gestion hospitalière.
Le comité peut constituer des groupes mixtes avec le comité consultatif de l'informatique médicale pour suivre des développements à caractère médico-administratif.