Une charte de déontologie énonce les règles que doivent respecter les membres concourant aux missions dont l'inspection générale est chargée. Ils en prennent connaissance et la signent lors de leur prise de fonction.

Le responsable de la mission ministérielle d'audit interne s'assure des conditions d'indépendance et d'objectivité des auditeurs. Chacun des membres de la mission est signataire du recueil de déontologie de l'audit interne. Leur activité est soumise au respect des dispositions de la charte ministérielle d'audit interne.