Le secrétariat permanent du Conseil supérieur des chambres régionales des comptes est assuré par un membre du corps des chambres régionales des comptes n'appartenant pas à ce conseil, affecté à ces fonctions avec son accord, par arrêté du ministre chargé des finances, sur proposition du conseil supérieur. La durée de cette affectation ne peut excéder cinq ans. Il ne peut y être mis fin que sur proposition du conseil supérieur.
Le conseil supérieur établit son règlement intérieur, qui détermine notamment :
a) Les conditions de fixation de l'ordre du jour ;
b) L'organisation des travaux du conseil supérieur en matière d'avancement, d'inscription sur la liste d'aptitude aux fonctions de président de chambre régionale des comptes, de notation et de discipline ;
c) La procédure d'examen des propositions d'affectations et de mutations soumises au conseil supérieur par le premier président de la Cour des comptes ;
d) Les modalités selon lesquelles le conseil se prononce sur l'organisation et le fonctionnement des chambres régionales des comptes.
Un procès-verbal est établi après chaque séance du Conseil supérieur des chambres régionales des comptes par les soins du secrétaire de ce conseil. Il est signé par le président, contresigné par le secrétaire et par un membre élu titulaire désigné à cet effet par le conseil et transmis, dans le délai d'un mois, aux membres du conseil.