Le bataillon de marins-pompiers de Marseille se compose d'un état-major, d'unités d'intervention, d'unités de service et de soutien, d'unités d'instruction, dont l'école des marins-pompiers, ainsi que d'un service de santé et de secours médical.
Un arrêté du ministre de la défense, pris après avis du conseil municipal de la ville de Marseille, précise l'organisation opérationnelle et les modalités d'administration de la formation.