Les crédits nécessaires au fonctionnement du Conservatoire national des arts et métiers sont inscrits au budget du ministère de l'éducation nationale. Ils sont versés à l'établissement sous forme de subvention en ce qui concerne les dépenses de matériel.
Les sommes nécessaires au paiement du personnel du Conservatoire national des arts et métiers sont ordonnancées au profit de l'agent comptable et inscrites au budget de cet établissement.