Le conseil scientifique est composé, pour moitié, de membres élus par les personnels propres de l'institut et par les personnes qui contribuent aux activités de ce dernier et, pour moitié, de membres nommés par les ministres de tutelle. Les modalités des élections, la composition et les règles de fonctionnement du conseil scientifique sont fixées par arrêté des ministres chargés de la recherche, de la santé et de l'enseignement supérieur.
Le conseil scientifique se réunit au moins trois fois par an sur convocation du président de l'institut ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres.