Les délibérations du conseil d'administration autres que celles mentionnées aux deuxième et troisième alinéas sont exécutoires quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la recherche s'il n'a pas fait connaître d'observations dans ce délai. Il en est de même des décisions prises par le président de l'agence sur délégation du conseil d'administration. En cas d'urgence, le ministre chargé de la recherche peut autoriser leur exécution immédiate.
Les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique.
Les délibérations portant sur les acquisitions, aliénations et échanges d'immeubles font l'objet d'une approbation expresse par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la recherche.