Les décisions de création ou de suppression de départements scientifiques au sein de l'Agence nationale de la recherche, ainsi que celles relatives à leur dénomination et leur périmètre, sont prises par le président après avis du comité de pilotage scientifique mentionné à l'article R. 329-16.
Les responsables des départements sont nommés par le président de l'agence, après avis du comité de pilotage scientifique, pour un mandat de quatre ans renouvelable.