Un comité de programme est placé auprès de chaque responsable de département scientifique, pour le conseiller et l'assister dans la préparation et la mise en œuvre des activités du département scientifique.
La composition et les modalités de fonctionnement des comités de programme sont fixées par le conseil d'administration. Ces comités comprennent, dans la proportion du tiers de leurs membres, des représentants élus des personnels. Ils comprennent des personnes physiques ou des représentants de personnes morales, françaises ou étrangères, avec lesquelles le département scientifique est amené à collaborer.