La Conférence des présidents d'université arrête ses méthodes de travail, et notamment les conditions dans lesquelles sont fixés ses ordres du jour et les dates de ses réunions. Celles-ci sont présidées par l'un des vice-présidents.
Toutefois, lorsque la Conférence des présidents est appelée à donner un avis sur des questions qui lui sont soumises par le ministre chargé de l'enseignement supérieur, ce dernier la convoque en session dont il fixe l'ordre du jour.
Dans le cas prévu à l'alinéa précédent, les séances sont présidées par le ministre ou par un représentant qu'il désigne. Chaque question fait l'objet d'un exposé introductif présenté par un rapporteur désigné par le ministre chargé de l'enseignement supérieur. La conférence peut soit se prononcer immédiatement, soit charger un ou plusieurs de ses membres d'élaborer le projet d'avis sur lequel elle sera appelée à statuer. L'avis doit être rendu au cours de la session où l'affaire a été inscrite à l'ordre du jour.