Le Conseil scientifique de l'éducation nationale établit un règlement intérieur qui fixe les règles de son fonctionnement ainsi que les obligations auxquelles ses membres sont assujettis.
Il se réunit plusieurs fois par an sur convocation de son président, qui fixe l'ordre du jour. Il se réunit en outre à la demande du ministre, de son président ou de la majorité de ses membres.
Sous l'autorité du président, un secrétaire général, nommé par le ministre en charge de l'éducation, assure l'organisation, le fonctionnement, la coordination et la valorisation des travaux du Conseil scientifique de l'éducation nationale.