Le Comité national d'évaluation organise lui-même ses travaux. Il arrête son règlement intérieur, fixe le programme de ses activités et détermine la méthodologie de ses évaluations.
Le ministre chargé de l'enseignement supérieur peut attirer son attention sur toute question appelant une évaluation en raison de son intérêt pour la politique nationale de l'enseignement supérieur et de la recherche ou sur toute mesure utile à la coordination des activités d'évaluation dépendant de son département.