L'Office national d'information sur les enseignements et les professions est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux et 151 à 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général de la comptabilité publique, ainsi que par l'article 60 de la loi de finances pour 1963 (deuxième partie n° 63-56 du 23 février 1963) relatif à la responsabilité des comptables publics.

L'Office national d'information sur les enseignements et les professions met en place une comptabilité analytique qui distingue les activités commerciales des autres activités.

Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, l'office est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.

Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.